处理重复化学小分子

greatzdl 发表于 2024-8-2 15:25

from rdkit import Chem

def remove_duplicates_smiles(smiles_list):
unique_inchikeys = set()
unique_smiles = []

for smiles in smiles_list:
   mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
   if mol:
         inchikey = Chem.MolToInchiKey(mol)
         if inchikey not in unique_inchikeys:
            unique_inchikeys.add(inchikey)
            unique_smiles.append(smiles)

return unique_smiles

# 示例用法
smiles_list = ["CCO", "CCO", "CCN", "CCN", "CCC"]
unique_smiles_list = remove_duplicates_smiles(smiles_list)
print(unique_smiles_list)

这个是简单的处理示例。本质上就是利用inchikey作为分子的唯一标识，来进行分子去除重复。
因为smiles这种方式表示分子，同一个分子可以有很多中smiles。没有有唯一性。
欢迎交流。

sona124311 发表于 2024-8-2 15:50

很精炼！{:1_921:}

icho 发表于 2024-8-2 18:37

楼主是懂化学的

SoftCracker 发表于 2024-8-2 19:47

化学小分子？什么情况

艾莉希雅 发表于 2024-8-2 21:50

感觉还是半透膜会好用一点，楼主这个写完了丢反应器里要怎么用啊

aukw 发表于 2024-8-3 16:42

化学小分子？好专业。。。到底是啥

greatzdl 发表于 2024-8-7 11:26

aukw 发表于 2024-8-3 16:42
化学小分子？好专业。。。到底是啥

平时生病吃的药片的主要成分都是小分子化合物，是他们到了人体内产生了某些作用。
本质上我们吃的饭里面有葡萄糖氨基酸果糖都是小分子

laotzudao0 发表于 2024-8-9 16:57

学到了，化学小分子

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